Daňová kontrola je upravena v zákoně č. 280/2009 Sb., daňový řád. Dle tohoto zákona se lze v praxi setkat se dvěma kontrolními postupy: postupem pro odstranění pochybností (dle § 89 daňového řádu) a násl. „klasickou“ daňovou kontrolou (dle § 85 a násl. daňového řádu).

Postup pro odstranění pochybností se zahajuje před vyměřením daně a slouží především k odstranění jednotlivých a dílčích pochybností, které lze zpravidla rychle a jednoduše vysvětlit. Nedojde–li k odstranění pochybností a výše daně nebyla prokázána dostatečně věrohodně, sdělí správce daně daňovému subjektu výsledek postupu k odstranění pochybností. Daňový subjekt je oprávněn do 15 dnů ode dne, kdy byl seznámen s dosavadním výsledkem postupu k odstranění pochybností, podat návrh na pokračování v dokazovaní spolu s návrhem na provedení dalších důkazních prostředků. Pokud ani následně není pochybnost prokázána, zahajuje obvykle správce daně daňovou kontrolu.

Klasická daňová kontrola je časově i rozsahem mnohem náročnější řízení. Její předmět a rozsah může být ze strany správce daně stanoven různě a může se postupně vyvíjet v průběhu samotné daňové kontroly.

Kontrola se obecně vztahuje k jedné dani a ke konkrétnímu období (například k dani z přidané hodnoty za březen 2023) a může být zahájena pouze před uplynutím lhůty pro stanovení daně, jejíž základní délka je tři roky. Cílem daňové kontroly je prověřit daňové povinnosti kontrolovaného subjektu.

Rizikové znaky z pohledu finančního úřadu

Ve výsledku je cílem daňové kontroly zabránit daňovým únikům. Proto správce daně většinou kontroluje jenom ty subjekty, které se mu mohou zdát podezřelými. Níže upozorníme na, z pohledu finančního úřadu, rizikové znaky, které mohou vést k zahájení kontroly:

Dlouhodobá ztráta

Firmy, které vykazují dlouhodobé ztráty, mohou být podezřelé z toho, že neuvádějí všechny své příjmy nebo že jejich podnikání slouží k jiným než obchodním účelům. Dlouhodobé ztráty mohou naznačovat, že firma nemá životaschopný obchodní model nebo že se vyhýbá daňovým povinnostem.

Opakovaně opravené daňové přiznání

Pokud firma nebo jednotlivec opakovaně opravuje své daňové přiznání, může to vzbudit podezření finančního úřadu. Takové opravy mohou signalizovat, že původní přiznání nebylo správné, což může vést k hlubšímu zkoumání účetních záznamů a daňových praktik.

Vysoké odpočty nebo nároky na vrácení DPH

Pokud firma nebo jednotlivec uplatňuje neobvykle vysoké odpočty nebo nároky na vrácení DPH, může to vzbudit podezření finančního úřadu. Je důležité mít dobře zdokumentované a oprávněné nároky na odpočet, aby bylo možné tyto odpočty obhájit v případě kontroly.

Subjekty v rizikových odvětvích

Některá odvětví jsou považována za rizikovější z hlediska daňových podvodů. Například pohostinství a maloobchod mají vysoký podíl hotovostních transakcí, což může usnadnit zatajování příjmů. Stavebnictví a služby jsou dalšími odvětvími, kde je vyšší riziko daňových podvodů nebo zneužití.

Firmy a osoby s vysokým obratem

Velké firmy a jednotlivci s vysokými příjmy mají větší množství transakcí a jejich účetnictví může být složitější. Tento faktor zvyšuje pravděpodobnost chyb nebo nesrovnalostí, což může vést ke zvýšenému riziku kontroly. Finanční úřad často zaměřuje své kontroly na subjekty, kde může být potenciální daňový únik významnější.

Jak probíhá kontrola z finančního úřadu

Správce daně má právo provádět kontrolu pouze v rámci tříleté prekluzivní lhůty pro stanovení daně, tj. do okamžiku, kdy tato lhůta ještě neuplynula (§ 148 daňového řádu). Kontrola samotná je zahájena doručením oznámení o daňové kontrole, ve které správce daně uvede, jakou daň a za jaké období kontroluje, jaké podklady je podnikatel povinen pro provedení kontroly poskytnout a do kdy. Obvykle úředníci předem informují, na co se během kontroly zaměří, což vám umožní si vše včas připravit. Obvykle se správce daně soustředí na základní dokumenty prokazující ekonomickou činnost: vydané a přijaté faktury, výpisy z bankovních účtů, účetní knihy, zaměstnanecké smlouvy, smlouvy s externími dodavateli a evidenci majetku.

Navazujícím krokem po obdržení oznámení o zahájení daňové kontroly tedy bude připravit si všechny potřebné elektronické a papírové záznamy, které byly pro kontrolu správcem daně vyžádány. Pro úplnost připomínáme u stěžejních dokumentů jejich povinnou dobu archivace:

• Účetní uzávěrka a výroční zpráva – 10 let,
• Účetní doklady, knihy a inventurní soupisy – 5 let,
• Doklady související s DPH – 10 let,
• Mzdové listy a záznamy pro účely důchodového pojištění – 45 let.

Po přijetí oznámení o zahájení daňové kontroly je vhodné si také domluvit se správcem daně, v jakém místě bude kontrola probíhat. V praxi je možné se domluvit na provádění v budově finančního úřadu, kam je nutno doručit všechny dokumenty, nebo správce daně navštíví kanceláře (provozovnu) společnosti.

Pokud nemáte k předložení dokladů potřebný čas, můžete požádat o prodloužení lhůty k jejich předložení. Pokud je žádost podána před uplynutím lhůty stanovené správcem daně, musí správce daně prodloužit lhůtu minimálně o tolik dní, kolik zbývá v den podání žádosti do konce původní lhůty. Prodloužení nad tento rámec je pak pouze na správním uvážení správce daně (blíže viz § 36 daňového řádu).

V rámci daňové kontroly by měl kontrolovaný subjekt se správcem daně spolupracovat. Současně je nutno si uvědomit, že podnikatele tíží důkazní břemeno. To znamená, že cokoliv, co je uvedeno v daňovém přiznání, musí být podnikatel schopen prokázat. Důkazními prostředky k prokázání správnosti uvedené daně může být obecně vše, čím lze zjistit skutečný stav věci a ověřit údaje rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně. Zejména se tím rozumí listiny, znalecké posudky, výslechy svědků či ohledání věci.

Daňová kontrola může trvat několik týdnů, měsíců a v krajních případech i let. Délka trvání daňové kontroly závisí na mnoha faktorech, zejména však na jejím rozsahu a hloubce. Většina daňových kontrol však trvá několik měsíců.

Daňová kontrola oficiálně končí ke dni, kdy vám finanční úřad doručí oznámení o ukončení daňové kontroly. K oznámení musí být přiložena zpráva o daňové kontrole, která obsahuje:

• odkaz na zahájení daňové kontroly,
• hodnocení předložených důkazních prostředků, a především
• výsledky, ke kterým správce dospěl.

Pokud finanční úřad zjistí v rámci kontroly nesrovnalosti, které daňový subjekt nebude schopen vysvětlit nebo prokázat, bude mu zpětně vyměřena daň a související sankce (penále a úrok z prodlení).

Daň je stanovena formou dodatečného platebního výměru, proti kterému se lze odvolat.

Výše úroku z prodlení je dle daňového řádu stejná jako dle občaského zákoníku – dvoutýdenní REPO sazba plus 8 % ročně. Například v prvním pololetí roku 2024 činí úrok z prodlení 14,75 % p. a.

Penále se kalkuluje z částky doměřené daně, a jeho výše činí:
 

Je tedy důležité být na daňovou kontrolu dobře připraven a mít v pořádku veškeré dokumenty, aby se minimalizovalo riziko jak daňového doměrku, tak souvisejících sankcí.

Kontrola z finančního úřadu nemusí být stresující, pokud jste na ni dobře připraveni. Z uvedeného důvodu doporučujeme mít minimálně u větších transakcí co nejpodrobnější dokumentaci, která bude odpovídající dobu archivována.

Článek byl připravený ve spolupráci se společností EKP Advisory, s.r.o.