Datové schránky fungují v České republice od roku 2009, kdy byly zřízeny pro komunikaci (resp. k doručování elektronických dokumentů) mezi orgány veřejné moci a právnickými nebo fyzickými osobami. Od roku 2010 mohou prostřednictvím datových schránek komunikovat také fyzické a právnické osoby mezi sebou soukromě.
 
Povinně musí datové schránky zřizovat orgány veřejné moci a právnické osoby. Fyzické osoby jak podnikatelé, tak fyzické osoby nepodnikající si mohou datové schránky zřizovat dobrovolně dle vlastního uvážení. Fyzická osoba může mít dvě schránky – jednu jako FO podnikající a druhou jako FO nepodnikající.
 
Orgány veřejné moci primárně doručují dokumenty do datové schránky, pak teprve klasickou poštou.
 
V souvislosti s používáním datových schránek dochází k neustálým změnám. Od 1. 1. 2015 vejde v platnost nový § 72 odst. 4 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, který ukládá všem vlastníkům datových schránek, ať už zřízených ze zákona, nebo dobrovolně, povinnost komunikovat (resp. činit podání) s daňovým úřadem pouze elektronicky, tedy pomocí datové zprávy.
 
Tato povinnost se týká podání všech daňových subjektů, které mají povinnost mít účetní závěrku ověřenou auditorem. Dále všech právnických osob – těm byla datová schránka zřízena ze zákona, nově zakládaným společnostem je datová schránka zřizována již při zápisu do obchodního rejstříku.
 
Povinnosti elektronické komunikace s finančním úřadem se nevyhnou ani fyzické osoby podnikatelé či nepodnikatelé, které si zřídili datovou schránku dobrovolně. Podnikající fyzické osoby, které jsou zaměstnavateli, si ve většině případů datové schránky zřídily kvůli České správě sociálního zabezpečení (ČSSZ) již v minulém roce, kdy to vypadalo, že s ČSSZ bude možná pouze elektronická komunikace.
 
Pro ty fyzické osoby, které si datovou schránku nikdy nezřídily, povinnost elektronické komunikace s daňovým úřadem neplatí.
 
V současné době se projednává rozsáhlá novela zákona o daních z příjmů, jejíž součástí jsou také změny v daňovém řádu. Novela (s číslem poslaneckého tisku 252) chce napravit formulaci dosud neúčinného § 72 odst. 4 daňového řádu tak, aby se povinnost elektronické komunikace s finančním úřadem vázala až na zpřístupnění datové schránky, nikoliv na její zřízení.

Při jiném než elektronickém podání hrozí pokuta

Právnické osoby mají už od 1. 1. 2014 povinnost podávat elektronicky přiznání k dani z přidané hodnoty. Souhrnná hlášení a výpisy z evidence pro daňové účely u přenesení daňové povinnosti (například u stavebních a montážních prací) podávají elektronicky všechny daňové subjekty. Pro právnické osoby plátce DPH se proto nebude jednat o velkou změnu vzhledem k tomu, že elektronickou komunikaci s finančním úřadem již využívají.
 
Nově (od 1. 1. 2015) musí všechny daňové subjekty, které mají datovou schránku, elektronickou formou činit tato podání:

• přihlášky k registraci,
• oznámení o změně registračních údajů,
• řádná daňová přiznání,
• dodatečná daňová přiznání.

 
Datová zpráva se musí podávat ve stanoveném formátu a struktuře datovou schránkou nebo s elektronickým podpisem.
 
Datovou zprávu s těmito druhy podání lze odeslat třemi různými způsoby:

• podepsanou uznávaným elektronickým podpisem,
• odeslanou prostřednictvím datové schránky, nebo
• s ověřenou identitou podatele způsobem, kterým se lze přihlásit do jeho datové schránky.

 
Pokud bude podání učiněno jinak než elektronicky, vznikne daňovému subjektu automaticky pokuta ve výši 2 000 Kč za každé jednotlivé podání.
 
Na rozdíl od finančního úřadu ČSSZ mění povinnou elektronickou komunikaci na dobrovolnou. Původně měla elektronická komunikace platit už od 1. 1. 2013. Pak byla odložena na 1. 1. 2014, ale ještě v průběhu roku 2013 byla schválena výjimka a odklad do 1. 1. 2016.
 
Následně ČSSZ odložila povinnost elektronické komunikace i pro OSVČ a zaměstnavatele, a to na 1. 1. 2015. Nově se navrhuje rozšíření stávajících způsobů elektronického podání o další způsob – prostřednictvím uživatelského účtu v portálu České správy sociálního zabezpečení.